Desde su inicio, Atrys ha invertido intensamente en la investigación en el ámbito del cáncer de mama, destinando una parte importante de sus recursos humanos y materiales al desarrollo de nuevas aproximaciones al diagnóstico personalizado y a la investigación traslacional.

Como parte de esta dedicación se han desarrollado tres importantes proyectos en colaboración con centros de investigación y académicos de primer nivel.

• Identificación de un modelo predictivo de opción terapéutica en cáncer de mama mediante la aplicación de la Patología Molecular y de Sistemas. Proyecto financiado por el CDTI en colaboración con los Drs. Albanell y Dr. Rojo del IMIM-Hospital del Mar, Barcelona. 2009-2010
• TRADION P. Prototipo de Sistema Experto para diagnóstico y tratamiento personalizado en pacientes con cáncer. Consorcio con INDRA y LORGEN, y colaboración con el Hospital Universitario San Cecilio, el Hospital Universitario Virgen de las Nieves, la Red andaluza de Bancos de Tumores, el Registro de Cáncer de Granada-EASP y el centro de investigación GENYO, en Granada, y Centro de Investigación Príncipe Felipe de Valencia. Proyecto parcialmente financiado por CDTI/FEDER, 2010-2013.
• Oncoexpert. Biotecnología para el diagnóstico y tratamiento oncológico. Sistema Oncológico Experto.Consorcio con INDRA, LORGEN, ERA7 y MASTER DIAGNÓSTICA. Colaboración con las con cinco Fundaciones que constituye ANDALUCÍA: FISEVI (Hosp Virgen del Rocío, Sevilla): FIBICO (Hospital Reina Sofía, Cordoba); FABIS (Hospital Juan Ramón Jiménez, Huelva); FIMABIS (Hospital Clínico, Málaga) y FIBAO (Hospital Ciudad de Jaén en Jaén). Proyecto Interconnecta financiado por CDTI/FEDER. 2013-2014

Actualmente, la compañía sigue trabajando en la programación y aceptación de nuevos proyectos de investigación destinados a la mejora en el diagnóstico y pronóstico de las pacientes con cáncer de mama.